Первыми геном вируса оспы обезьян, вызвавшего нынешнюю вспышку в неэндемичных странах, секвенировали исследователи из Национального института здравоохранения им. Рикардо Хорхе в Лиссабоне (Португалия). Результаты представлены в виде препринта на Virological.org.
Предварительный филогенетический анализ показал, что вирус относится к западноафриканской кладе и наиболее тесно связан с вирусами, экспортированными в 2018 и 2019 годах из Нигерии в Великобританию, Израиль и Сингапур. Вирусы этой клады вызывают более легкое течение заболевания (летальность при отсутствии лечения может достигать 3,6 %) по сравнению с конголезской (летальность 10–11 %).
В «португальском образце» удалось покрыть около 92 % последовательности генома, а вот команда бельгийских исследователей смогла реконструировать 98,9 % генома и опубликовать более полную последовательность. Они также подтвердили, что вирус оспы обезьян образца 2022 года идентичен вирусу, который был завезен в Великобританию в 2018 году.
Чуть позже та же португальская команда опубликовала еще 9 последовательностей генома, придя к заключению, что нынешняя вспышка в разных странах происходит из одного источника. Однако вирусы 2022 года отличаются в среднем по 50 SNP (однонуклеотидные полиморфизмы) от вирусов 2018–2019 годов, и это намного больше, чем можно было бы ожидать, учитывая установленную ранее скорость появления замен в геномах ортопоксвирусов.
Внутри кластера 2022 года, по мнению португальских исследователей, есть признаки микроэволюции. Это позволит отслеживать распространение вируса по геномным последовательностям, несмотря на то, что вирусы с двухцепочечным ДНК-геномом менее изменчивы, чем РНК-вирусы (например, коронавирусы).
Ключевым остается вопрос, есть ли у этого вируса какие-либо изменения, которые делают его более трансмиссивным, раз ученые всерьез рассматривают гипотезу о том, что новая ветвь является результатом некоего эволюционного скачка. На Virological.org продолжают появляться новые расшифрованные геномы вируса обезьяньей оспы, также геном американского изолята опубликовали Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC). Филогенетическое дерево вируса представлено на портале Nextstrain.