Специалисты Копенгагенского университета и Управления статистики Дании исследовали сублинии «омикрона» и пришли к выводу, что они различаются по эпидемиологическим свойствам. BA.2 стал доминирующей версией коронавируса в стране, опередив BA.1. Он значительно быстрее передается и искуснее обходит иммунную защиту тех, кто вакцинирован или получил бустерную прививку. При этом такие люди с меньшей вероятностью распространяют SARS-CoV-2, невакцинированные же передают BA.2 эффективнее, чем BA.1.
В Дании одновременно распространяются 3 субварианта «омикрона» — BA.1, BA.2 и BA.3, первые два преобладают. Сублинии не сходны между собой: помимо ключевой делеции в позиции 69–70 в области белка-шипа BA.1 по сравнению с BA.2 их отличает примерно 40 мутаций.
По данным датского Statens Serum Institut (SSI), генетически BA.2 отличается от BA.1 сильнее, чем BA.1 от варианта «альфа». Это не позволяет идентифицировать его как «омикрон» с помощью стандартного ПЦР-теста, что и стало поводом для прессы дать BA.2 прозвище «стелс-омикрон» (от английского stealth — невидимый, скрытый). Есть предположение, что он возник в результате повторных инфекций от одного и того же пациента, в котором эволюционировал «омикрон».
ВОЗ считает, что новый вариант «омикрона», получивший обозначение BA.2, не опаснее «оригинального» BA.1, но является более заразным. По словам главы технической группы подразделения по чрезвычайным заболеваниям Марии ван Керкхове, ВОЗ работает с учеными по всему миру над отслеживанием инфекций, вызванных субвариантом BA.2, и будет делиться дополнительной информацией по мере ее поступления. Исходные данные указывают на то, что BA.2 более передаваем, чем первый вариант. Но с точки зрения тяжести заболевания нет признаков того, что BA.2 отличается от исходного «омикрона».
Датские ученые проанализировали случаи заражения в более чем 8,5 тысячи домохозяйств с декабря 2021-го по январь 2022 года и нашли 2 122 домохозяйства с BA.2, где могло произойти 4 587 заражений, но положительный тест был у 1 792 человек (коэффициент вторичной заболеваемости составил 39 %). BA.1 выявлен в 6 419 домохозяйствах: 13 358 потенциальных вторичных случаев, но реально заразились 3 910 человек (коэффициент 29 %). Среди вторичных случаев и непривитые, и вакцинированные (в Дании очень высокий уровень вакцинации с охватом свыше 80 % населения), и ревакцинированные оказались более восприимчивы к BA.2, чем к BA.1.
Если тот, кто заражал, был ревакцинирован, то трансмиссивность по сравнению с вакцинированными без бустера снижалась как для BA.1, так и для BA.2. Если же член семьи, принесший в семью вирус, не был вакцинирован, трансмиссивность BA.2 оказывалась выше, чем BA.1. Да и вирусная нагрузка в целом была выше для случаев BA.2, чем для BA.1 (у ревакцинированных оказалась одинаковой для обеих сублиний).
BA.2 легче заражает вакцинированных людей, то есть лучше обходит иммунную защиту. Но наибольшая трансмиссивность нового подварианта отмечается между невакцинированными, а значит он дает повышенную вирусную нагрузку на незащищенных носителей. Вероятность заразить других субвариантом BA.2 у вакцинированных меньше. При этом получившие прививки значительно заражались обоими подвариантами по сравнению с непривитыми.
Среди симптомов «стелс-омикрона», выявляемых в «полевых» условиях, называют высокую температуру, упорный кашель и потерю или изменение обоняния и вкусовых рецепторов (по данным Национальной службы здравоохранения Великобритании). Врачи отмечают также жалобы на головные боли и дискомфорт в спине, особенно в области почек.
Информации о том, что BA.2 вызывает более тяжелое течение болезни, нет, но исследователи опасаются его ускоренного распространения среди невакцинированных детей.
Научных работ по подвиду BA.2 пока очень мало, но постепенно информация накапливается.
Имперский колледж Лондона: BA.2 обойдет первый «омикрон»
Великобритания обозначила BA.2 как вариант, «находящийся в стадии исследования». То есть пока это не вариант, представляющий интерес или вызывающий беспокойство, согласно классификации ВОЗ, но вариант, за которым пристально наблюдают.
Британский медицинский журнал The BMJ подчеркивает, что предыдущее заражение необязательно обеспечивает защиту от возможного инфицирования, особенно если речь идет о вариантах «дельта» и «омикрон». Венди Барклай, руководитель отделения инфекционных заболеваний Имперского колледжа Лондона, объясняет это следующим образом:
Каждый вариант отличается от исходного вируса, но это необязательно линейное развитие. Если представить себе исходный «уханьский» штамм в центре трехмерного пространства, то другие варианты как бы исходят от него, но в разных направлениях. Два варианта, которые дальше всего отстоят друг от друга, — это «дельта» и «омикрон».
В Великобритании регистрируются 3 варианта омикрона — BA.1 (именно эта сублиния уже широко распространилась по всему миру), BA.2 (ВОЗ информирует об обнаружении этого подвида более чем в 60 странах) и BA.3.
BA.1 (B.1.1.529.1): оригинальный «омикронный» вариант SARS-CoV-2 — пока в мире на него приходится 9 из 10 случаев «омикрона». Характеризуется значительным числом мутаций, включая 37 в S-белке. По данным ВОЗ, BA.1 чаще, чем «дельта», инфицирует и реплицируется в верхних дыхательных путях, в то время как «дельта» поражает нижние дыхательные пути. Это различие может быть причиной преимущества в передаче инфекции, которое продемонстрировал BA.1, но также причиной того, что он, по-видимому, вызывает менее тяжелое заболевание, чем «дельта».
Однако повышенная трансмиссивность ВА.1 приводит к большому числу пациентов, что создает серьезную нагрузку на системы здравоохранения. Кроме того, риск реинфекции при ВА.1 в 5,4 раза выше, чем при «дельте» (т. е. для переболевших COVID-19 риск заразиться повторно при доминировании «омикрона» более чем в 5 раз выше, чем при доминировании «дельты»). При этом вакцины обеспечивают надежную защиту от тяжелых заболеваний и смерти от BA.1, а введение бустерной дозы — более надежную защиту от инфицирования.
BA.2 (B.1.1.529.2): Имеет меньше мутаций, чем BA.1, из них 31 в S-белке. Агентство по безопасности здравоохранения Великобритании (UKHSA) предупреждает, что BA.2 обладает «повышенной скоростью распространения» по сравнению с BA.1, а инфицированные BA.2 с большей вероятностью, чем носители BA.1, заражают бытовые контакты.
Многочисленные изменения в белке-шипе привели к тому, что антитела, выработанные после вакцинации или предыдущей инфекции, «не совсем хорошо видят вирус». При этом BA.2 приобрел изменения, «делающие его лучше в передаче инфекции, благодаря чему он начинает вытеснять BA.1». Последний накопил столько мутаций, что «в какой-то степени стал проигрывать». В целом «количество изменений в BA.2 несколько меньше», чем в BA.1, но они «более оптимальны», в итоге BA.2 достиг лучшего баланса в плане ускользания от антител, сохранив при этом хорошую передаваемость.
Пока нет доказательств того, что BA.2 обладает повышенной вирулентностью (вызывает более тяжелые заболевания).
Предварительные исследования, проведенные UKHSA, не выявили доказательств снижения эффективности вакцины против симптоматического заболевания для BA.2 по сравнению с BA.1.
По крайней мере через 25 недель после введения двух доз эффективность вакцины против симптоматической инфекции составила 13 % для BA.2 (по сравнению с 9 % для BA.1). Через 2 недели после третьей (бустерной) дозы эта эффективность возросла до 70 % (по сравнению с 63 % для BA.1).
ВА.3 (В.1.1.529.3): по состоянию на 3 февраля в мире было диагностировано менее 400 случаев этой подлинии, хотя, по сообщениям, ее выявляли как минимум в 19 странах. Ранние исследования показали, что BA.3 имеет 33 мутации в S-белке, 31 из которых совпадает с BA.1. Две другие мутации ВА.3 разделяет с BA.2. Пока ничего не известно о тяжести заболевания BA.3 или эффективности вакцины.
Что знают о субварианте «омикрон» BA.2 эксперты клиники Мэйо
По словам руководителя исследовательской группы по вакцинам клиники Мэйо доктора мед. наук Грегори Поланда, в США выявлены случаи заболевания примерно в половине штатов, но пока это около 1 % от всех случаев заболевания COVID-19.
Тем не менее, учитывая опыт Дании, где очень высокий уровень иммунизации и при этом более половины случаев приходится на субвариант ВА.2, эпидемиологи очень внимательно следят за ситуацией. «По оценкам, ВА.2 примерно в 1,5 раза более заразен или передаваем, чем первый «омикрон», — говорит Грегори Поланд. — Хорошая новость заключается в том, что BA.2, похоже, не вызывает более тяжелых заболеваний, чем оригинальный вариант «омикрона». Эксперты также считают, что на данный момент BA.2, судя по всему, не снижает эффективности полной вакцинации против COVID-19.
Грегори Поланд:
Это случилось уже 5 раз за последние 2 года, но мы до сих пор не хотим прививаться. Сегодня возникает подвариант BA.2, который еще более заразен, чем «омикрон» ВА.1, который, напомню, заразнее «дельты», а та, в свою очередь, заразнее «альфы». Это будет продолжаться до тех пор, пока все люди не будут полностью вакцинированы. Вы можете игнорировать эти факты, но вирусу все равно, что вы думаете. Он просто найдет всех тех, у кого нет защитного иммунитета, и легко заразит их.
Университет Квинсленда: ВА.2 труднее дифференцировать
Австралийские ученые напоминают, что «омикрон» — это «высокодивергентный» вариант, накопивший более 30 мутаций в спайковом белке, что привело к снижению антительной защиты как от предшествующей инфекции, так и от вакцинации, а также к повышению трансмиссивности.
«Омикрон» не первый вариант, имеющий сублинии (еще совсем недавно все только и говорили, что о «дельте плюс», или AY.4.2). Линейка «омикрона» (линейка — генетически тесно связанная группа вариантов вируса, произошедших от общего предка) состоит из трех подлиний: ВА.1, BA.2 и BA.3. Поэтому ВА.2 является не «сыном» (как его образно окрестили в СМИ), а скорее «братом» первого «омикрона».
Наибольшее беспокойство вызывают появляющиеся данные о том, что BA.2 может быть более заразным, чем оригинальный BA.1, и повышает восприимчивость невакцинированных людей к инфекции более чем в 2 раза по сравнению с BA.1. Исследователи также предполагают, что полностью вакцинированные и даже ревакцинированные люди в 2,5 раза восприимчивее к BA.2, чем к BA.1.
Фактором, который помогает отличить «омикрон» (BA.1) от других вариантов SARS-CoV-2 в тестах ПЦР, является отсутствие одного из 3 маркеров, по которым проводят ПЦР-тест (2 за пределами S-гена и 3-й — в S-гене, и именно его у «омикрона» нет), известное как «отсутствие мишени гена S». Однако эта особенность «омикрона» не относится к BA.2. Неспособность обнаружить эту сублинию таким образом привела к тому, что ее назвали «скрытым подвариантом». На самом деле это не значит, что BA.2 нельзя диагностировать с помощью ПЦР-тестов. Это просто означает, что когда у кого-то обнаруживается положительный результат на SARS-CoV-2, потребуется немного больше времени, чтобы узнать, какой вариант вызвал инфекцию, с помощью секвенирования генома.
Микробиологи о возможностях третьей сублинии «омикрона»
Данные, представленные в Journal of Medical Virology группой ученых отделения клеточной биологии и микробиологии Индийского научного института в Бангалоре, показывают, что для линии BA.3 не существует специфических мутаций в спайковом белке. Вместо этого она представляет собой комбинацию мутаций в S-белке BA.1 и BA.2.
Все три линии «омикрона» обнаружены примерно в одно и то же время в одном регионе: в ноябре 2021 года в Южной Африке. У них были примерно равные шансы разнестись по всему миру. И хотя действительно распространение получили все субварианты, скорость этого процесса различна. Пока доминирует BA.1.
Вероятно, это связано с различиями в мутациях в S-белке, необходимом для передачи вируса и проникновения в клетку хозяина. Проанализировав практически все генетические последовательности сублиний «омикрона», представленные в базе GISAID, ученые выявили 37 мутаций в спайковом белке BA.1, 31 мутацию в BA.2 и 33 мутации в BA.3 (см. рисунок).
Рисунок. Сравнение мутаций S-белка субвариантов BA.1, BA.2 и BA.3 «омикрона».
(A) На диаграмме показано сравнение мутаций S-белка линий BA.1, BA.2 и BA.3 в «омикроне». Кроме того, представлено сравнение мутаций в различных функциональных доменах S-белка. Цвет, присвоенный каждой мутации, указывает ее процент в общем количестве доступных последовательностей этой линии. Масштабная линейка отражает процент.
(B) Показаны мутации в S-белке линий BA.1, BA.2 и BA.3. Мутации, выделенные белым цветом в (А), представлены менее чем в 0,5 % проанализированных последовательностей, поэтому они были пропущены в анализе.
(C) На диаграмме Венна показаны мутации в S-белке линий BA.1, BA.2 и BA.3.
Из этих мутаций 21 (G142D, G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y, Y505H, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y Q954H и N969K) является наиболее распространенной во всех трех субвариантах. Сюда входят мутации N501Y и Q498R, которые, по-видимому, усиливают связывание с рецептором ACE2, и мутации H655Y, N679K и P681H, которые, как считается, облегчают передачу вируса.
При сравнении линий BA.1 и BA.2 выявлено 16 (ins214EPE, S371L, G496S, T547K, N856K, L981F, A67V, H69del, V70del, T95I, V143del, Y144del, Y145del, N211I, L212Idel и G446S) специфических мутаций в S-белке BA.1 и 10 (T19I, L24S, P25del, P26del, A27S, V213G, T376A, R408S, S371F, D405N) специфических мутаций у BA.2.
Вероятнее всего, именно эти 16 специфических мутаций могут играть ключевую роль в том, что BA.1 стал доминирующей сублинией «омикрона», которая распространяется быстрее, чем BA.2. Но при наличии 21 общей мутации S-белок BA.3 разделяет 10 мутаций (A67V, H69del, V70del, T95I, V143del, Y144del, Y145del, N211I, L212del и G446S) с BA.1 и 2 мутации (S371F и D405N) с BA.2.
Другими словами, из 33 мутаций в S-белке линии BA.3 31 мутация является общей с BA.1. Примечательно, что BA.3 вызвала наименьшее количество случаев заболевания среди всех трех субвариантов. Поэтому можно предположить: причиной того, что линия BA.3 распространяется с более низкой скоростью и вызывает меньше случаев заражения, могла быть потеря 6 мутаций (ins214EPE, S371L, G496S, T547K, N856K и L981F), которые есть у BA.1, или получение 2 мутаций, которые есть у BA.2 (S371F и D405N).
Ученые практически единодушны во мнении, что следует ожидать появления новых вариантов, подвариантов и линий. При таком высоком уровне передачи вирус имеет много возможностей для размножения и возникновения мутаций. Чтобы решить эту глобальную проблему, необходимо замедлить передачу вируса и уменьшить число восприимчивых хозяев, в которых вирус может свободно реплицироваться. Самая действенная стратегия — повышение уровня вакцинации во всех без исключения уголках мира.