Вирусолог Леондиос Кострикис объявил 7 января, что исследовательской группе Университета Кипра удалось выявить несколько геномов вируса SARS-CoV-2, в которых присутствуют элементы вариантов «дельта» и «омикрон». Назвав их «дельтакрон», Кострикис и его команда в тот же вечер загрузили 25 геномных последовательностей в базу GISAID, а через несколько дней — еще 27. Мировые СМИ немедленно подхватили эту новость, и «дельтакрон» стал сенсацией. Ровно до тех пор, пока выяснилось: никакого «дельтакрона» на самом деле не существует, пишет научный журнал Nature.
Эта история высветила один очень важный момент: ученым следует быть крайне осторожными в трактовках результатов, ведь их выводы могут быть ошибочны или неверно истолкованы, и тогда на свет появится очередной миф.
Реакция научного сообщества была довольно бурной. Многие специалисты заявили в социальных сетях и в прессе, что 52 последовательности не указывают на новый вариант и не являются результатом рекомбинации — генетического обмена информацией — между вирусами, а скорее всего возникли в результате загрязнения в лаборатории. «Не существует такого понятия, как «дельтакрон». «Омикрон» и «дельта» не могли образовать супервариант», — одной из первых отозвалась на новость Крутика Куппалли, член технической группы ВОЗ по COVID-19, базирующейся в Медицинском университете Южной Каролины (США).
Распространение дезинформации
История о том, как несколько десятков секвенированных образцов SARS-CoV-2 оказались в центре научной полемики, весьма показательна. С одной стороны, можно только аплодировать системе за быстрое обнаружение возможной ошибки в секвенировании. Хорошо и то, что новейшие данные в максимально сжатые сроки становятся достоянием общественности. Но с другой стороны, пресловутой ложкой дегтя выступает сам факт слишком скороспелых научных выводов и по сути распространения чистой воды дезинформации с подачи ученых — к сожалению, далеко не первый случай во время пандемии…
Леондиос Кострикис теперь утверждает, что некоторые аспекты его первоначальной гипотезы были неверно истолкованы, а из-за сбивающего с толку названия некоторые СМИ приняли описанные им образцы за последовательность рекомбинантного вируса «дельта»/«омикрон», при этом он никогда не говорил, что данные последовательности представляют собой гибрид этих двух вирусов.
Тем не менее спустя 72 часа после того, как геномы были выложены в открытый доступ, Кострикис удалил их из базы в ожидании дальнейшего расследования.
Шерил Беннетт, сотрудница офиса фонда GISAID в Вашингтоне, говорит, что, поскольку с января 2020 года в базу данных GISAID было загружено более 7 млн геномов SARS-CoV-2, некоторые ошибки в секвенировании не являются таким уж сюрпризом. «Но вот поспешные выводы на основе данных, которые только что были получены в лаборатории и не прошли полную проверку, никому не помогут, несмотря на важность быстрого обмена информацией во время пандемии», — подчеркивает Беннетт.
Ошибка в последовательности?
Геномные последовательности «дельтакрона» были получены из декабрьских образцов вируса, изучаемых Кострикисом и его командой в рамках работы по отслеживанию распространения вариантов SARS-CoV-2 на Кипре. Исследователи заметили определенные мутации, похожие на мутации в «омикроне», в спайковом белке, который помогает вирусу проникать в клетки.
В письме, отправленном в Nature, ученый объясняет, что его первоначальная гипотеза заключалась в том, что некоторые участки генома варианта «дельта» независимо эволюционировали в S-белке с появлением мутаций, подобных тем, которые произошли в «омикроне». Но после широкого освещения этого предположения в новостях другие ученые, работающие над генетическим секвенированием SARS-CoV-2, указали на еще одну более чем вероятную возможность: произошла простая лабораторная ошибка.
Секвенирование любого генома зависит от праймеров — коротких фрагментов ДНК, которые служат отправной точкой для секвенирования, связываясь с целевой последовательностью. У «дельты», однако, есть мутация в гене спайкового белка, которая снижает способность некоторых праймеров связываться с ним, что затрудняет секвенирование этой области генома. «Омикрон» не имеет такой мутации, поэтому если в образец через загрязнение попали частицы «омикрона», это может привести к тому, что секвенированный ген S-белка будет похож на ген «омикрона», говорит Джереми Камил, вирусолог из Университета штата Луизиана. Причем такой тип загрязнения является весьма распространенным.
Оправдываясь, Кострикис возражает, что если «дельтакрон» является продуктом загрязнения, то секвенирование должно было бы выявить последовательности «омикрона» с мутациями, подобными «дельте», поскольку у «омикрона» есть своя собственная мутация, препятствующая праймеру. И добавляет, что аргумент о лабораторном загрязнении «дельтакрона» был «выдвинут без учета наших полных данных и без предоставления каких-либо реальных убедительных доказательств того, что его не существует».
Сенсация терпит фиаско
Ученые отмечают, что даже если эти геномные последовательности не являются результатом загрязнения, мутации, выявленные в Университете Кипра, не уникальны для «омикрона» и встречаются в других вариантах, что делает «дельтакрон» чем-то вроде… просто странного названия.
На самом деле база данных GISAID изобилует последовательностями геномов SARS-CoV-2, в которых некоторые элементы похожи на мутации во многих других геновариантах вируса.
«Такие последовательности загружаются постоянно. Но, как правило, из них никто не делает сенсацию, которую потом неизбежно придется развенчивать», — говорит Томас Пикок, вирусолог из Имперского колледжа Лондона.
По словам Леондиоса Кострикиса, он сейчас находится в процессе изучения всех критических мнений, высказанных видными учеными по всему миру по поводу его недавнего заявления и планирует представить исследование на экспертную оценку.
«Ученые должны быть очень осторожны в своих высказываниях», — сказал в интервью журналу Nature один известный вирусолог, пожелавший остаться анонимным, чтобы не быть втянутым в полемику. Но у этой истории есть и другая сторона: эксперты опасаются, что подобные инциденты могут заставить ученых менее решительно делиться данными, при этом в условиях пандемии информация особенно чувствительна к такому фактору, как время. Обмен данными о вирусных геномах должен происходить максимально быстро, потому что только так можно обнаружить появление новых вариантов.